Il Collegio Rotondi è provvisto un laboratorio scientifico polifunzionale: la varietà delle attrezzature di cui è fornito, infatti, consente lo svolgimento di diversi tipi di attività di carattere didattico e sperimentale.

Queste risultano di particolare importanza per il corso sperimentale di chimica e biologia, ma rientrano anche nei piani di studio di scienze della terra, astronomia e soprattutto di fisica.

Un’ala del laboratorio è dedicata all'approfondimento teorico grazie a una postazione pc, proiettore e lavagna interattiva multimediale; un’alta vetrina custodisce la strumentazione scientifica storicamente appartenuta al Collegio Rotondi.

Il laboratorio dispone di un grande bancone piastrellato, lavandini da laboratorio, 9 microscopi ottici e una vasta libreria di campioni biologici su vetrino da poter analizzare, videoproiettore per immagini da microscopia, quattro armadi organizzati per riporre la vetreria, il reagentario chimico e biologico e la strumentazione (piastra riscaldante, pHmetro, bilance di precisione, incubatore microbiologico, tre telescopi professionali).